Optimus Prime ve Megatron’un köken hikayesi, Cybertron gezegeninde başlar. İkisi başlangıçta yakın dostlardır ve gezegenin geleceği için birlikte çalışırlar. Aralarındaki bağ güçlüdür, ancak zamanla farklı idealler onları birbirinden uzaklaştırır. Optimus Prime, barış ve adaleti savunurken, Megatron güce ve hâkimiyete olan arzusuyla hareket eder. Bu ideolojik ayrılık, sonunda aralarında büyük bir çatışmaya yol açar ve Cybertron'un kaderini derinden etkiler.

Optimus Prime, halkı için bir lider olurken, Megatron’un güç arayışı savaşı başlatır. İkili arasındaki düşmanlık, gezegeni kaosa sürükler ve devasa bir savaşın fitilini ateşler. Cybertron’un görkemli manzaraları içinde geçen bu hikaye, iki karakterin birbirlerine nasıl düşman hale geldiğini gösterir.